ניו מקסיקו היא מהיצרניות הגדולות ביותר של פלפל צ'ילי (Capsicum spp.) בארצות הברית, עם ייצור של 51,000 טון בשנת 2021 משטח של 8500 דונם עם פרודוקטיביות ממוצעת של 6 טון/אקר על פי נתוני משרד החקלאות האמריקני הלאומי. שירות סטטיסטיקת החקלאות. התפוקה הממוצעת ירדה ב-25% מכיוון שהשטח הנטוע לייצור פלפל צ'ילי נשאר זהה. הדבר הביא לירידה בפעילות הכלכלית של כמעט 10% בשנת 2020 לעומת השנה הקודמת, מ-50.1 מיליון דולר ל-44.9 מיליון דולר. הירידה המשמעותית הזו בייצור הכולל של פלפל צ'ילי במדינה דרבנה מדענים למאמצי מודרניזציה חדשים שמטרתם להאיץ את הרווח הגנטי ולשפר את הפרודוקטיביות בתוכנית NMSU Chile Pepper Breeding and Genetics על ידי הערכת תכונות שונות הקשורות לפוטנציאל התפוקה והיבול באמצעות כלי פנוטייפ תפוקה כגון מנתח העגבניות (TA).
ארכיטקטורת פירות ותכונות הקשורות למורפולוגיה הן בין הקובעים לגיוון הפירות והן תורמים עיקריים ליבול ולפוטנציאל התשואה בפלפל צ'ילי. באמצעות תוכנת TA, מדענים אספו נתונים על קבוצה של תכונות פרי כולל היקף פרי, מדדי צורה, גודל ואסימטריה באוסף של קווי פלפל צ'ילי מגוונים שהוערכו בתנאי גידול בניו מקסיקו.
חוקרים שאפו לאפיין 105 גנוטיפים של פאנל גיוון Capsicum המורכב מזנים, קווי רבייה, גזע ו מינים פראיים השייכים ל-12 סוגי תרמילים (פירות) שונים, עבור 32 מתארי TA מורפומטריים. ניתוח אשכולות היררכי קיבץ את הגנוטיפים לשמונה אשכולות בהתבסס על מתארי TA. המידות הבסיסיות - כלומר, היקף, שטח, רוחב אמצע גובה, רוחב מרבי, גובה אמצע רוחב, גובה מקסימלי, וגובה מעוקל - היו המתארים המבדילים ביותר עם תרומה מקסימלית לצורת הפרי הכוללת.
הוכחה התועלת של מתארי TA המורפומטריים, שקשה למדוד אותם באמצעות פנוטייפ קונבנציונלי. מספר זנים עם צורת פרי ומורפולוגיה רצויים המבוססים על ניתוח אשכול הומלצו בתור קווי הורים להכלאה כדי לשפר את היבול בתוכניות רבייה של פלפל צ'ילי. תוצאות באמצעות TA למדידת תכונות הקשורות לפרי יספקו בסיס ל מחקר אסוציאציות רחב גנום וסלקציה גנומית לתכונות התורמות לתפוקה בפלפל צ'ילי מקסיקני חדש.